Klub został założony w 1958 roku i od tego czasu stał się jednym z najważniejszych zespołów w Azerbejdżanie, zdobywając liczne mistrzostwa kraju oraz puchary. Neftchi Baku regularnie występuje w europejskich pucharach, takich jak Liga Europy UEFA, co przyczynia się do zwiększenia prestiżu klubu na arenie międzynarodowej. Zespół kładzie duży nacisk na rozwój młodzieży, prowadząc własną akademię piłkarską, która wykształciła wielu zawodników, którzy później reprezentują Azerbejdżan na arenie międzynarodowej. Stadion, na którym grają, to nowoczesna Arena Baku, przyciągająca tysiące kibiców podczas ważnych meczów. Neftchi Baku jest również aktywny społecznie, organizując akcje charytatywne i wspierając lokalne inicjatywy sportowe.